Conscient de ses faiblesses,
Henri IV doit d’abord commencer par conquérir les esprits. Les royalistes catholiques
lui

demandent d’abjurer le protestantisme, lui qui à neuf
ans avait déjà changé trois fois de religion. Il refuse, mais dans une déclaration publiée le 4 août, il indique qu’il respectera la religion catholique. Beaucoup hésitent à le suivre, certains
protestants comme La Trémoïlle quittent même l’armée, qui passe de 40 000 à 20 000 hommes.
Affaibli, Henri IV doit abandonner le siège de Paris car les seigneurs rentrent chez eux, ne voulant pas servir un protestant. Appuyés par l'Espagne, les ligueurs relancent les hostilités, le
contraignant à se replier personnellement à Dieppe, en raison de l'alliance avec la reine Élisabeth Ire d'Angleterre, tandis que ses troupes refluent partout.
Cependant, Henri IV est victorieux de Charles de Lorraine, duc de Mayenne le 29 septembre 1589 lors de la bataille d'Arques. Au soutien des nobles, huguenots et politiques rassurés par ce chef de
guerre solide et humain, s’ajoutent ceux de Conti et Montpensier (princes du sang), Longueville, Luxembourg et Rohan-Montbazon, ducs et pairs, des maréchaux Biron et d’Aumont, et d’assez nombreux
nobles (Champagne, Picardie, Ile-de-France)6. Il échoue par la suite à reprendre Paris, mais prend d’assaut Vendôme. Là aussi, il veille à ce que les églises restent intactes, et à ce que les
habitants ne souffrent pas du passage de son armée. Grâce à cet exemple, toutes les villes entre Tours et le Mans se rendent sans combat7. Il bat à nouveau les Ligueurs et les Espagnols à Ivry le
14 mars 1590, affame Paris, mais ne peut prendre la ville, qui est ravitaillée par les Espagnols.